Al Municipio de San Marcos se Puede arribar por la carretera Guadalajara ­Nogales entronque al Municipio de Tala, Siguiendo por la carretera a Amatlán de Cañas Nayarit, ubicándose este a 98 Km. de Guadalajara por carretera Pavimentada.

San Marcos cuenta con diferentes caminos de traslado a las diferentes localidades del Municipio todas estas en camino en brecha, de esta forma comunicándose la mayoría de las localidades a través de este medio los principales Caminos son los siguientes:

Camino las Palomas 07 Km. Brecha
Camino a la Puerta del Coche 4 Km. Brecha
Camino a la Huerta Vieja 12 Km. Brecha
Camino a los Desmontes 08 Km. Brecha
Camino a San Felipe 03 Km. Brecha

En lo que a transportación se refiere cuenta con el servicio foráneo a través de los auto transportes Guadalajara - Etzatlán - San Marcos con línea directa además de los servicios de transportación urbana en las localidades a través de Taxis, Autobuses Foráneos, y Vehículos de Particulares.

San Marcos cuenta con 1 Administración de Correos, 1 Administración de Telégrafos y el Sistema de Teléfonos de Telmex con una Subestación de estos, además de la comunicación de Radio patrullaje conectado a la red regional de seguridad publica y del Correo electrónico Digital en el Ayuntamiento Municipal siendo este el mas moderno entre el municipio.

El Municipio de San Marcos es parte de la Región 11 Valles misma que esta integrada por 13 municipios mas que en 1998 con el programa de Regionalización del Gobierno del Estado esta integrada la región además por los municipios de Ameca, Amatitán, Arenal, Ahualulco de Mercado Cocula Etzatlán, Magdalena, Hostotipaquillo, San Martín de Hidalgo, San Juanito de Escobedo, Tala, Tequila y Teuchitlán. El Municipio de San Marcos limita al Norte con el Municipio de Etzatlán, Al Sur con los Municipios de Etzatlán y Ameca, Al este con el municipio de Etzatlán y al oeste con el Estado de Nayarit. San Marcos Representa el 5.00% del total del territorio regional con una superficie de 292.85 km2. representando el 2 % del Estado de Jalisco.